青海省药学会下设秘书处，负责学会的日常事务，秘书处内设学术交流部、财务部、《青海药讯》编辑部，具体职责如下：       

一、学术交流部       

      负责学会业务培训、技术咨询服务及各专业委员会报备与药学相关学术交流会议计划并督促实施。拟定学会科普活动计划并组织实施，开展药学科学知识、法律法规的宣传与普及活动。受政府机关委托承办的其他工作。承办学会理事会交办的其他事项。      

二、财务部 

      负责固定资产增减变动的会计核算和监督以及固定资产的清查盘点工作，全面反映和监督固定资产的增、减值和变动情况。根据本会的收支情况，年度财务报表报社团登记管理机关,负责应收款、应付款和现金银行存款的管理，以及日常经费报销工作，并做好清算拖欠款及催收工作，保证资金的完整、安全，接受财税机关和登记管理机关对财务工作的检查、监督和财务审计工作，负责保管会计档案以及固定资产等资料，负责电算化系统的使用。     

 三、《青海药讯》编辑部       

      承担内部资料《青海药讯》期刊的组稿、编辑工作，拓展《青海药讯》影响力，开展与期刊相关的其他服务工作。承办学会理事会交办的其他事项。